La commune tient son nom du Château d’Allègre cité dès le XIIème siècle.
L’étude des débris organiques, les empreintes de la flore et le profil du sol, attestent de l’existence d’un lac aux environs de 30 à 25 millions d’années avant J.C.
Puis, des enceintes néolithiques et un oppidum sont parmi les premières traces de présence humaine. La source Font-Pudente aurait attiré les premiers Gaulois, suivis par les troupes romaines qui baignaient leurs chevaux et leurs chiens dans les eaux des Fumades. La légende raconte que Jules César vint y soigner sa petite gale.
Les témoignages de cette époque ont été retrouvés dans les années 1870 : une piscine carrelée de 4 mètres de diamètre, des restes de mosaïque, des tessons de poterie, une grande quantité de pièces, une trentaine d’autels votifs représentant les 3 nymphes protectrices des sources.
Suite aux inondations de 2002, des vestiges d’un site gallo-romain sont découverts sur le hameau d’Arlende. Un an plus tard, des fouilles préventives menées en collaboration avec le Ministère de la culture et de la communication, l’Institut national d’archéologie préventive (INRAP) et des associations locales (CREA et GARA), révèlent l’existence d’une agglomération secondaire du Ier siècle avant J.-C. au IIIème siècle après J.-C.
L’empereur Théodose s’étant converti au christianisme, il exigea par décret la destruction des monuments païens, ce qui aboutit à la fin du culte des eaux et la mise en sommeil des Fumades.
Au XVIIème siècle, deux grandes verreries fonctionnaient aux alentours : le Mas de Sallèles ou de Sarreles (visible de la route) et la Métairie de la Calmette (aux environs du château). Les bouteilles appelées quentines fabriquées par les "Gentilhommes verriers" étaient acheminées par convoi, à dos de mulets, jusqu’à Vals-Les-Bains.
La première exploitation organisée des eaux des Fumades aurait commencé par la source Justet en 1845. Les documents d’archives décrivent des bâtiments de construction légère, le plus souvent en bois.
En 1875, le docteur Louis Eugène Perrier, directeur de l’établissement thermal d’Euzet-les-Bains, gère la source Etienne des Fumades. Il la revend pour acheter les Bouillens, beaucoup plus connue de nos jours sous le nom de « Source Perrier » de Vergèze.
Bien avant 1900, l'eau des sources Zoé et Romaine était vendue embouteillée dans les pharmacies et les dépôts d’eaux minérales.
En 1907, à Londres fut créée la société « Developpement Compagny Limited » dont les actions étaient côtées en bourse. Des capitaux allemands ont également été investis aux Fumades.
La même année, l’arche dite "romaine" construite en véritable pierre du Gard, fut inaugurée. La devise «SISTE VIATOR AC BIBE» (arrête-toi, voyageur et bois) est gravée sur son fronton.
Des trains entiers de curistes allemands arrivaient à la gare de Saint-Julien-de-Cassagnas rebaptisée « Saint Julien-Les Fumades ». Un service régulier de calèches puis de voitures les amenait de la gare aux différents hôtels.
La station était en activité toute l’année : c’était une station hydrominérale. Le Grand Hôtel accueillait les nombreux « baigneurs » (les curistes) et artistes venus se refaire une santé.
Le Casino qui possédait une salle de baccarat, une salle d’écarté ainsi qu’une salle de petits chevaux était très fréquenté. Dans la salle du grand théâtre des Fumades, les troupes de comédiens de Nîmes présentaient diverses œuvres lyriques : Mireille, les Cloches de Corneville... Un orchestre symphonique de 20 musiciens offrait un concert quotidien dans le kiosque à musique.
Des auberges mettaient à disposition de la clientèle « des filles saines et avenantes ».
Une demeure de style baroque prussien fut construite pour que le fils de l’Empereur Guillaume II puisse venir se soigner aux Fumades. La guerre de 1914 empêcha la venue de cet illustre patient.
Les deux guerres virent le déclin de la station. Celle-ci devint propriété du Conseil Général, puis d'un propriétaire privé, puis de nouveau du Conseil Général.
Aujourd'hui, la commune d’Allègre-Les-Fumades compte 779 habitants répartis dans sept hameaux aux charmes très différents : Arlende, Auzon, Boisson, La Bégude, Le Mas Chabert, Les Fumades-les-Bains, et Les Vieilles Fumades, tous nichés dans un écrin de verdure.
La Mairie d’Allègre-Les-Fumades et la Ville d'Alès ont pris le relais et travaillent ensemble à la création d'une "cité du bien-être" qui va donner un nouvel élan à la station.