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Les premières mentions de Saint-Jean-de-Maruéjols dans les archives datent de 1066. Le village relevait alors des Comtes de Toulouse, qui étaient également Comtes d'Uzès.
Avéjan est le berceau de la famille des Comtes de Banne d'Avéjan, d'où est issu, entre autres, Monseigneur Charles de Banne d’Avéjan, 3ème Évêque d’Alais de 1721 à 1744.
La voie romaine de Nîmes à Alba-la-Romaine, dite « Voie d'Antonin le Pieux », franchit la Cèze un peu en aval du Pont de Tharaux, traverse la commune du sud au nord pour retrouver, de l'autre côté de la route départementale, l'actuel Chemin de l'Estrade, et poursuit son parcours vers Barjac.
Le château a été la propriété de la maison de Crussol (Comtes puis Duc d'Uzès), brièvement des Seigneurs de Budos de Portes, puis de Jacques Thomas, pasteur protestant au 17e siècle. On le retrouve au 19e siècle propriété de la famille Bruyère.
Des remparts qui protégeaient le village primitif, il subsiste deux tours : la Tour de l'Horloge, côté sud, et la tour de la maison Rebotier côté nord. Les murailles ont été absorbées par les maisons qui s'y adossaient, comme on peut le voir sur l'actuelle place de l'Horloge.
Élément de fortification faisant partie des anciens remparts, on peut dater la Tour de l'Horloge approximativement du 12e siècle. Elle présente alors un aspect classique de tour crénelée. Il faut attendre 1741 pour qu'elle prenne son aspect actuel, recouverte de tuiles vernissées.
Le pont de Caveirac, parfois abusivement qualifié de romain, est plus vraisemblablement médiéval, sans que l'on puisse toutefois le dater de manière précise en l'état actuel des recherches. Il permettait de franchir la Claysse, à proximité du Moulin du même nom, et un peu en amont du pont actuel, qui a remplacé un gué vers le milieu du 20e siècle.
Les fondations de l'église actuelle datent vraisemblablement du 12e siècle.
L'église est pratiquement abandonnée et en ruines au début du 17e siècle, après l'apparition de la Réforme, la quasi-totalité des habitants du village s'étant convertie au protestantisme. Elle est réhabilitée vers le milieu du 17e siècle, puis incendiée par les troupes du chef camisard Jean Cavalier, au début du 18e siècle, et restaurée peu après.
La première décennie du 19e siècle voit la construction du clocher et l'achat d'une cloche. Dans la deuxième partie de ce siècle, l'église est devenue trop petite pour contenir tous les fidèles. Le Conseil de fabrique et le conseil municipal décident donc de la rénover et de l'agrandir. On commence par refaire une façade en pierres de taille, puis, en 1870, on construit une nouvelle sacristie au nord, les deux nefs latérales et les deux arceaux qui ouvrent sur le transept.
Un nouveau vitrail, représentant la symbolique de l'eau du baptème, a été installé au-dessus du grand portail.
Il a été inauguré en 1820. L'auteur du projet est le pasteur Encontre. Les paroissiens de chaque village de la paroisse sont sollicités pour fournir et transporter les matériaux : sable, chaux, pierres, etc.
À noter que la table de communion en pierre d'asphalte, installée dans le temple à cette époque et encore utilisée aujourd'hui, est celle du premier temple, édifié en 1612 et démoli en 1685 au moment de la révocation de l'Edit de Nantes !
L'aménagement intérieur actuel du temple date de 1992.
Elle est située près du château et entourée par un petit cimetière. Elle est de style roman très pur, avec son abside en cul-de-four orientée à l'est et la chapelle des Comtes d'Avéjan, sous laquelle se trouve une crypte où reposent plusieurs membres de cette famille.
Dans son livre « Églises romanes oubliées du Bas-Languedoc », P.-A. CLÉMENT décrit cette église qu'il date de la seconde moitié du 12e siècle. Son histoire est étroitement associée à celle de la famille de Banne d'Avéjan, dont le premier représentant est cité en 1181.
En sept siècles, l'église a subi les injures du temps. La voûte de la nef s'est effondrée à une époque indéterminée et a été rétablie à un niveau inférieur. En 1703, durant la guerre des camisards, ces derniers vinrent saccager l'église et profaner la sépulture des seigneurs d'Avéjan, peut-être pour venger l'abjuration de 1655. C'est probablement à cette occasion que fût martelé le tympan du portail qui porte trois personnages en buste, sans doute le Christ entouré de Pierre et Paul.
Désacralisée en 1985, l'église a été restaurée à partir de 1983 par l'ARESPA (Association pour la restauration de l'Église Saint Pierre d'Avéjan).
L'église est aujourd'hui utilisée pour des expositions et des concerts.
La concession de lignite d'Avéjan est établie en 1834 au profit de Léonce de Bannes, comte d'Avéjan. L'asphalte y est adjoint en 1856 avec les premiers travaux et constructions sous le village d'Avéjan. La concession est transférée vers 1875 à Henri Torte Ostalet, banquier à Toulouse, puis à Gustave Délicieux (en 1894, abandon peu après de l'exploitation des lignites dans la partie nord de la concession, à la limite sud de la commune de Barjac) et finalement à la Société des Mines de Bitume et d'Asphalte du Centre (SMAC) en 1904. L'exploitation a été abandonnée dans les années 1990.
La concession de Saint-Jean-de-Maruéjols a été établie en 1859 et exploitée depuis 1872 par la Société Française des Asphaltes (SFA). Les premiers travaux sont réalisés à environ 500 m au nord du village (petit puits) avec la construction de bâtiments importants dès 1869 (puits Bond) puis le déplacement de l’exploitation vers le nord (puits Vion). L’extraction est contrariée par des problèmes de venues d'eau importantes. En 1910 : nouvelle concession du Rebezou, sur une partie plus profonde du gisement, située à l'ouest. De 1932 à 1936 : creusement des puits Goldney et Berry dans cette nouvelle concession, les travaux de fond étant séparés pour empêcher les venues d'eau. Cette dernière partie est exploitée depuis la fermeture des puits Bond et Vion en 1943. L'exploitation est abandonnée depuis le début des années 2000.